Im 16. Jahrhundert fasste die Reformation im französischen Adel und Bürgertum Fuß. Frankreich zerfiel in zwei religiöse Lager: zwar blieb die überwiegende Mehrheit der Bevölkerung dem Katholizismus treu, aber eine starke Minderheit schloss sich der Reformation an.
Das katholische französische Königtum versuchte vergeblich, die Ausbreitung der Hugenotten, französische Protestanten meist calvinistischer Richtung, zu unterbinden. Ein friedliches Zusammenleben der beiden Konfessionen erwies sich als unmöglich und ein Krieg konnte nicht mehr verhindert werden.
Folgen waren das Blutbad der Bartholomäusnacht (24.8.1572, insgesamt 10.000 getötete Hugenotten) und die insgesamt 8 Hugenottenkriege (1562-1598), die jedes Mal von wenig tragfähigen Friedensvereinbarungen unterbrochen wurden.
Ähnlich wie der spätere Dreißigjährige Krieg waren die Hugenottenkriege keine reinen Religionskriege. Vordergründig ging es um die “richtige“ Konfession, aber auch dynastische und machtpolitische Hintergründe spielten eine große Rolle.
Erst das Edikt von Nantes (30. April 1598), das den Hugenotten volle Gewissensfreiheit, eine straffe militärische und politische Organisation und 200 befestigte Plätze zusicherte, brachte wirklich Frieden. Die erreichte konfessionelle Koexistenz wurde aber nach und nach wieder zugunsten der Katholiken eingeschränkt und schließlich 1685 durch das Edikt von Fontainebleau aufgehoben.
Den Hugenotten wurde die Religionsausübung und die Auswanderung bei Todesstrafe verboten. 200.000 Hugenotten gelang dennoch die Flucht in protestantische Länder, wo sie als Réfugiés gerne aufgenommen wurden. Die in Frankreich verbliebenen Hugenotten zogen sich in die Cevennen zurück und lieferten dem französischen König 1702-1705 einen erbitterten Krieg (Aufstand der Kamisarden). Die Aufklärung verhalf den Hugenotten zu einer gerechteren Behandlung, Ludwig XVI. erließ 1787 ein Toleranzedikt, aber erst nach dem Inkrafttreten der französischen Verfassung (1791) wurde den Hugenotten alle staatsbürgerlichen Rechte zugesichert.