Dopo la divisione dell'Impero dei Franchi nel 843, i Paesi Bassi entrarono a far parte del Regnum Francorum orientalium e successivamente del Sacro Romano Impero. Nel tardo 15° secolo il territorio entrò in possesso per successione della dinastia degli Asburgo sotto Carlo V, Imperatore del Sacro Romano Impero e Re di Spagna.
I Paesi Bassi erano suddivisi in 17 province e comprendevano anche il Belgio (con eccezione del Principato vescovile di Liegi), parti della Francia settentrionale e della Germania occidentale.
L'era della Riforma luterana era iniziata e anche nei Paesi Bassi la popolazione si convertì al protestantesimo. Carlo V e suo figlio e successore, Filippo II di Spagna, entrambi devoti cattolici, fecero perseguitare i protestanti, cercando di riconvertirli al cattolicesimo.
Gli sforzi di Filippo di introdurre una amministrazione centrale (cattolica) e ad adottare leggi fiscali uniformi, portarono alla fine alla rivolta delle province.
Dal 1568 i Paesi Bassi e la Spagna erano in guerra. Il Belgio e l'Olanda di oggi furono occupati dagli spagnoli. La lotta degli olandesi per la libertà durò oltre 80 anni e si concluse a Münster e Osnabrück con la pace di Westfalia il 15 maggio 1648.